一、黄淮夏大豆遗传多样性分析（论文文献综述）
张志鹏[1]（2019）在《中国南方大豆种质资源的地理-季节分化与耐荫相关性状的遗传解析》文中提出大豆（Glycine max（L.）Merrill）不仅为人类提供了食用油和蛋白质,而且还为世界上牲畜和水产养殖提供了大量的饲料。在中国的东北,黄淮和南方三大大豆产区中,中国南方包括长江中下游及其以南地区,该区拥有的大豆种质资源约占全国的一半。中国南方地貌复杂多样,其东部为丘陵地区（湖北、湖南、江西、安徽、浙江、江苏、福建及广东、广西的部分地区）,西部为高原地区（云南、贵州及四川、广西、湖南和湖北的山地）,其还有四川盆地和江汉平原等。大豆是典型的短日照作物,对日照长度和温度的变化敏感是其原始性状,不同地理纬度和海拔造成的光温差异会引起大豆的分化,因此,地理因素在南方大豆的分化中起着关键作用。历史上的种植制度全年仅一季,所谓“春耕、夏耘、秋收、冬藏”,劳动人民为了充分利用季节,开始了一年多熟的种植方式。中国南方大豆也随着种植制度的变化从一年一季进化成春、夏、秋和冬季四种播季类型,这是有别于世界其它地区的重要特征。不同季节下日照长度和温度不同,可见,播种季节也是造成大豆分化的重要因素。中国南方作为栽培大豆可能的起源中心,其种质资源对世界大豆研究又非常重要,而对其遗传研究却很少,因此,有必要对中国南方大豆种质资源进行生态分化和遗传关系的深入研究。中国南方幅员辽阔,光温水资源丰富,间套种是中国南方大豆的重要种植模式。而大豆耐荫性是决定其与玉米、甘蔗、木薯和果树等高秆植物间套作模式推广的重要因素。目前需要高效、通用、稳定和简单的耐荫性鉴定体系对大豆耐荫性进行评价,发掘耐荫性种质,研究其遗传机制,明确育种材料的耐荫变异情况,用于指导大豆耐荫性育种,从而促进大豆间套作模式的推广和大豆产业的发展。本研究从中国南方大豆种质资源中选取394份组建成代表性样本（SCSGP）,按照4个地理生态区（Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ）和2种播季类型（夏秋豆,SA;春豆,SP）分成八个地理-季节亚群:SA-Ⅲ、SA-Ⅳ、SA-Ⅴ、SA-Ⅵ、SP-Ⅲ、SP-Ⅳ、SP-Ⅴ 和 SP-Ⅵ。利用重测序技术获得的全基因组123,065个SNP连锁不平衡区段（SNPLDB）标记分析不同地理-播季群体的遗传多样性、群体分化和亲缘关系,并以全国代表性的127份野生大豆（Glycine soja Sieb.et Zucc.）群体作参考物种,对栽培大豆的起源问题进行探讨。同时,对3个遮光度、3个鉴定时期和26个性状依据遗传率、误差变异系数、遗传变异系数及与耐荫级别的相关性等进行耐荫指标的筛选,然后对南方915份大豆种质资源进行三个环境的耐荫性鉴定,最后利用新开发的“RTM-GWA S”关联分析方法结合SNPLDB对大豆耐荫性及相关性状进行遗传解析。主要研究结果如下:1中国南方大豆种质资源的地理-季节群体分化和遗传演化关系中国南方大豆群体存在明显分化,结合始花期来看,地理生态区从短到长依次是Ⅲ,Ⅳ,Ⅵ和Ⅴ;南方夏秋豆的平均数、变幅、遗传变异系数均高于春豆,且春豆平均数最高的SP-V也小于夏秋豆开花期最短的SA-Ⅲ;在各生态内部,SP-Ⅲ与SA-Ⅲ分化最大,达到15.9d,Ⅳ生态区内达13.0d,Ⅵ生态区播季分化相对较小为12.2d,V生态区分化最小,仅为7.0 d。依据遗传距离发现第V生态区相对另外三个生态区较远,Ⅲ和Ⅳ最近,Ⅲ生态区内春豆和夏豆遗传分化最大。Neighbor-Joining聚类与生态分组的卡方检验（χ2=446.47,p<0.001）以及遗传距离与生态性状差异的矩阵Mantel分析（r=0.623,p<0.001）均表明生态分化和遗传分化基本一致,说明地理-季节亚群划分具有相应遗传基础。夏秋豆群体相对于春豆群体,遗传多样性高（π平均值0.213 vs.0.212）,继承等位变异较多（374,872 vs.361,357）,特有新生等位变异较少（1675 vs.2054）,连锁不平衡水平较小（r2,0.304 vs 0.366）,距离野生群体遗传距离较小（0.4322 vs 0.4340）,因此夏秋豆是原始类型,春豆是进化类型。各栽培群体距离长江中下游地区的野生豆的遗传距离相对另外三个区野生群体最近,推测长江中下游地区的原始野生大豆是南方栽培大豆的共同祖先。SA-Ⅲ距离长江中下游地区的野生豆群体最近（0.4155）,继承等位变异最多（319,995）,连锁不平衡水平最小（0.316）,因此是中国南方栽培大豆群体中最原始的类型。进一步利用多生态群体特有等位变异（MPSPA）分析发现,SA-Ⅳ和SA-Ⅲ共享的MPSPA（101675/0.63）最多,因此SA-Ⅳ可能是从原始的SA-Ⅲ进化而来的;SA-Ⅵ与SA-Ⅳ共享的MPSPA（54206/0.39）最多,表明原始的SA-Ⅳ通过适应逐渐分化成 SA-Ⅵ。SA-Ⅴ 与 SA-Ⅳ 共享的 MPSPA（87550/0.57）最多的,且 SA-Ⅴ 与 SA-Ⅲ共享的MPSPA也较多,这表明SA-Ⅴ可能从原始的SA-Ⅲ和SA-Ⅳ进化而来。另外,每个生态区域的SP生态亚群（SP-Ⅵ除外）与本地区SA共享的MPSPA最多,推测各生态区的春豆来自当地原始的夏秋豆。此外,Mantel检验显示,地理-季节遗传距离矩阵与MPSPA 比率矩阵（两群体之间共享的MPSPA与这两个群体MPSPA总数之间的比率）之间存在显着的负相关（R=-0.601,P<0.001）。总之,MPSPA在相邻生态区的同种播季类型之间以及同一生态区内不同播季类型亚群之间优先分布的规律,从等位变异水平揭示了 SCSGP中的遗传进化关系。由以上遗传关系提出中国南方栽培大豆进化路线:首先从长江中下游的野生豆驯化出原始的SA-Ⅲ群体,之后进化出SA-Ⅳ,SA-Ⅴ和SP-Ⅲ,然后从原始的SA-Ⅳ群体,进化出SA-Ⅵ和SP-Ⅳ;SA-Ⅴ分化出本地区的SP-V;而SP-Ⅵ主要有三个来源（SA-Ⅲ、SA-Ⅳ 和 SP-Ⅳ）。2栽培大豆耐荫性鉴定体系的建立及中国南方大豆耐荫性的遗传变异对15%、30%和60%三个遮光度进行筛选后,30%遮光度相对其他遮光梯度较适宜,表现为倒伏品种有而不太多（22%）、表型变异系数较高（25%）、品种间区分度较好。对株高、茎粗、平均节间长、第五节间长、倒三节间长、主茎节数、第五节间粗、倒三节间粗、叶长、叶宽、叶形指数、叶柄长、茎叶鲜重、茎叶干重、根鲜重、根干重、冠层反射光谱、单株荚数、单株粒数、单株粒重、完粒数、完粒重、百粒重、分枝数和有效分枝数等26个性状进行筛选,发现株高和平均节间长构成的耐荫指标相对其他指标具有以下优点:①较准确,误差变异系数低（9.36%）、遗传率高（95.43%）;②较稳定,环境间相关系数高（0.92）;③品种间区分度较好,表型变异系数（31.25%）和遗传变异系数（30.52%）较大;④与田间目测耐荫级别相关性较高（0.73）,较能反映田间实际情况。对播种后30%遮光40、50和60d的耐荫指标进行比较,发现播种后50 d时相对其他时期耐荫指标各参数均最优,如环境间相关系数最大（0.87）,误差变异系数最小（7.75%）。据此将30%遮光度下,播种后50 d株高和平均节间长相对值的平均数定为耐荫指数,指数越小则越耐荫。中国南方915份大豆耐荫指数的变幅为1.14-2.60,平均1.63,材料个体间差异极显着,且遗传率较高（90.07%）,说明表型选择具有较高的准确性,但是也存在显着的环境互作。各生态区的材料都存在丰富的遗传变异,耐荫指数变幅分别为1.15-2.56、1.14-2.60、1.17-2.49和1.22-2.46,为各生态群体改良该性状提供材料基础。经三个环境鉴定,挖掘出出一批优异耐荫种质资源,如贡豆7号（四川）,矮脚早（湖北）,横县黑豆-2（广西）和启东关青豆甲（江苏）等。3大豆耐荫性QTL-allele构成及生态亚群分化三个环境表型数据联合方差分析表明,耐荫性存在显着的环境互作,因此利用RTM-GWAS软件的G×E模型对其进行遗传解析。在SCSGP中检测到52个QTL与耐荫性相关,分别位于19条染色体上（除了 Gm 12）,4号染色体上最多（有7个）。其中QTL主效效应表型变异解释率（R2）之和为72.70%,单个最大为15.25%,QTL与环境互作表型变异解释率总共是9.46%。其中9个R2>2%位点主效效应解释了56.85%的表型变异,其余的43个位点解释了 15.85%表型变异,因此耐荫性符合数量性状的主-多基因遗传系统。共有320个等位变异（150个负效应,170正效应）,构建了 52×394的QTL-allele矩阵。各品种既存在正效应等位变异,也存在负效应等位变异,说明SCSGP可通过优化组合设计改良其耐荫性。320个等位变异有211个（65.9%）是多生态亚群特有等位变异（MPSPA）和2个亚群特有等位变异（SP-Ⅳ和SA-Ⅴ）。春豆群体的6个特有等位变异均为负效应,夏秋豆群体有11个特有等位变异,Ⅳ生态区有一个特有等位变异,Ⅴ生态区有2个特有等位变异。春豆和夏秋豆的17个等位变异,在前6个表型变异解释率较大的位点上出现13个,如Shade.06.3的3号等位变异（效应0.036）共涉及41份材料,是夏秋豆群体特有等位变异,在四个生态区均有分布,而在SA-Ⅵ分布频率最高（0.60）,可见该等位变异不仅在春夏群体具有有和无的分化,在生态地理区域也具有频率上的差异;该位点的5号等位变异（效应-0.060）共涉及18份,只分布在在SP-Ⅲ和SP-Ⅳ中,且前者频率较高,可能在SP-Ⅲ生成;该位点的7号等位变异（效应-0.325）仅存在SP-Ⅲ,SP-Ⅳ和SP-V三个春豆群体内,涉及8份材料;该位点7个等位变异中,有5个是MPSPA,3个是春夏群体的特有等位变异,且在8个亚群频率分布差异极显着（χ2=49.44,p<0.001）,另外该位点表型变异解释率最大,说明该位点是导致耐荫性生态群体分化的主要位点。分化较显着且表型变异解释率较大的位点是功能验证的重点。Shade.06.3（R2=15.25%）位点的候选基因Glyma.06g213100（6个SNP）调节DELLA蛋白的合成,而DELLA蛋白是赤霉素信号转导通路的关键调节因子;该基因在拟南芥内的同源基因已被证明参与荫蔽过程的调节,主要响应赤霉素和光敏色素相互作用因子。Shade.05.3（R2=14.78%）注释到的基因是Glyma.05g231100（4个SNP）,编码的蛋白是吲哚-3-丙酮酸单加氧酶,该酶参与生长素的合成;该基因的同源基因AT4G13260编码YUC2,也已经证明响应荫蔽胁迫。位点Shade.16.2（R2=7.75%）的候选基因Glyma.16g050500（17 个 SNP）合成生长素信号 F-box3。Shade.17.2（R2=6.63%）位点的候选基因Glyma.17g205300（6个SNP）编码的是赤霉素3β-双加氧酶,该酶参与赤霉素的合成;该基因的同源基因AT1G15550功能是感知红光和远红光的变化;Shade.07.1（R2=3.49%）注释到的基因Glyma.07g0 77100（37 个 SNP）编码 COP9,而COP9参与光敏色素信号转导。4耐荫性与其成分性状及生态性状既有协作关系又有其独特性株高、主茎节数和平均节间长三个耐荫组成性状及两个生态性状始花期和光温敏感性的表型分别与耐荫指数达到显着相关水平。五个性状分别定位到69、55、50、63和73个QTL,主效效应表型变异解释率之和分别是71.71%、75.53%、72.58%、69.43%和 74.54%,互作效应解释了 15.11%、12.30%、10.66%、19.94%和 13.83%的表型变异。与耐荫性相同或相近的位点分别有17,11、11、10和10个,分别解释了各自表型变异的16.13%、11.26%、12.08%、8.68%和11.79%。共涉及耐荫位点35个,表型解释率之和为41.42%,且有5位点完全重合,如其中18LDB5564470055646203在耐荫性、平均节间长和光温敏感性三个性状中均出现,其注释基因是Dt2,说明大豆耐荫性与植株的生长习性密切相关。另外,耐荫性注释中的21个基因的蛋白与株高（5个）、主茎节数（5个）、平均节间长（3个）、始花期（4个）和光温敏感性（12）注释基因的蛋白存在5、5、6、4和14次互作。可知,耐荫反应与茎形态和光形态建成共用一些代谢调控途径,在荫蔽条件下,受光信号诱导促进或阻遏。而其余的17个QTLs为耐荫性所特有,如Shade.16.2（R2=7.75%）仅出现在耐荫反应中;部分耐荫基因间只和本性状的基因存在蛋白-蛋白互作。综上所述,从表型,遗传位点和蛋白互作三个水平说明,耐荫性与其成分性状和生态性状既有协作关系又有其特异途径和网络。5中国南方大豆地理-季节生态性状的遗传分化及其对拓展大豆种植范围的启示始花期和光温敏感性分别检测到643和479等位变异,新生等位变异为223和110个,继承等位变异为420和367个;其中495和323个等位变异只出现一个或某几个地理-播季亚群。这种有和无的差异是造成分化的主要原因,其次是频率分布差异较大的等位变异,这些具有定性或定量显着差异的位点是生态适应性的结果,也蕴含大量进化过程中选择的信息。这两个性状新生等位变异比例（36.8%和23.0%）远高于全基因组水平（8.2%）,且在地理-播季亚群间存在显着分化,主要表现为春豆群体新生和继承的负效等位变异较多（SP-Ⅲ最多）,夏秋豆群体新生和继承的正效等位变异较多（SA-Ⅵ最多）,说明SP-Ⅲ的负效等位变异受到的环境压力和人工选择最强,以适应长江中下游春播环境,进化程度较高,同理SA-Ⅵ的正效等位变异,是适应华南热带夏播环境的结果。这支持了春豆是进化类型,夏秋豆是原始类型,长江中下游的夏秋豆分别向光温钝感和低纬光温敏感传播的推论。南方大豆群体始花期和光温敏感性育种潜势分别是4.9-92.4d和-0.06-0.67。光温敏感材料不仅具有光温敏感等位变异,且优异材料间光温敏感遗传结构互补;光温钝感材料不仅具有钝感等位变异,而且还与其他材料的钝感遗传结构能很好的互补,同时发现优异光温钝感亲本Z-599和Z-571还是优异耐荫材料。其中仅存在夏秋豆群体的5个正效应较大的和主要分布在春豆群体的4个绝对值较大的负效应等位变异,分别是大豆向低纬短日高温地区和高纬（或春播）长日低温环境拓展的优异等位变异。6中国南方大豆种质资源对荫性与生态性状的育种潜势预测及优化组合设计同为耐荫材料,如Z-599和Z-671,它们具有不同的耐荫等位变异,尤其在前5个表型变异解释率较大位点上的负效（耐荫）等位变异完全不同,这说明不同耐荫材料的遗传结构存在差异,耐荫位点具有丰富的遗传多样性,这为亲本选择及杂交组配预测提供了遗传基础。394份材料共有77,421个组合,Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ生态区内部分别获得11、9、5和5个预期优异组合。Ⅲ区又获得3个相邻区（Ⅳ）优异组合,1个不相邻生态区（V）间的优良组合;Ⅳ区获得2个相邻区（V）优异组合;Ⅵ区与Ⅳ区获得4个优异组合,与V区获得6个优异组合。共获得46个优异组合,最优的组合是Z-597与Z-671,亲本Z-671（横县黑豆-2）反复出现在其中11个组合中,是耐荫遗传结构与其他材料互补较好的耐荫材料。结合已获得耐荫性和生态性状的遗传信息,根据间套种实际生产情况,进行综合预测。得到21个满足条件的组合,耐荫性强,主茎节数多,平均节间长短,光温反应钝感,始花期在35-40 d,株高在55-80 cm。涉及亲本20个,春豆12个,来自Ⅲ生态区5个,Ⅳ生态区2个,Ⅴ生态区2个和Ⅵ生态区3个;夏秋豆8个,来自Ⅳ和Ⅳ生态区各4个。优良亲本多来自Ⅲ和Ⅳ生态区,说明Ⅴ和Ⅵ生态区应考虑Ⅲ和Ⅳ生态区引入优异的材料用作选育间套作大豆品种的亲本。
张星[2]（2018）在《大豆成熟籽粒硬度的全基因组关联分析》文中研究说明大豆是重要的粮食和油料作物,是人类和动物最主要的植物蛋白和油脂来源之一。由大豆籽粒加工而成的豆制品是亚洲的重要传统食品且其有利于人们的健康,目前豆制品在世界范围内正日益受欢迎。大豆籽粒硬度是大豆重要的品质性状,影响了纳豆的质量和加工以及菜用大豆的食味品质。硬粒型种子不利于种子的加工,菜用大豆也需要软粒的种子以获得更好的口感。选育籽粒硬度较软的大豆具有重要现实意义,而研究大豆籽粒硬度遗传机制有助于提高软粒品种选育的效率。为加深对大豆籽粒硬度遗传机制的认识,本研究对216份中国栽培大豆微核心种质的籽粒硬度表型进行鉴定,分析了不同生态区和所属亚群之间籽粒硬度的变化以及籽粒蛋白含量、油脂含量和籽粒硬度的相关性,并分析了影响大豆籽粒硬度的因素。进一步基于多位点关联分析mrMLM方法利用1514个高质量的SNP分子标记对大豆籽粒硬度进行全基因组关联分析,检测与大豆籽粒硬度显着关联的位点,在位点LD衰减区间内筛选候选基因并分析其表达模式,主要研究结果如下:本研究通过质构仪探针破碎籽粒的最大力Fm以及探针压入籽粒稳定时间段（0.3-0.5s）的力随时间变化率H两个指标来衡量籽粒硬度,于2011-2014年测定大豆微核心种质四年间的成熟籽粒硬度。结果表明:该群体籽粒硬度的两个指标Fm和H均存在广泛的表型变异,其中Fm在四年中品种的平均值变幅为17268.2N-18451.9N,H的平均值变幅为28702.8N/s-29559.5N/s。该群体在四个环境下Fm和H指标均表现出极显着正相关,遗传率均大于86%。方差分析结果表明Fm和H在材料间、年份间以及材料与年份互作间均存在极显着差异。216份微核心种质的材料来源于7个生态区且分属2个亚群。Fm和H表现出随着生态区地理分布从北往南、播期从春至秋升高的趋势,主要来源于北方春播区的第1亚群的材料Fm和H值均低于第2亚群。为了探索大豆籽粒硬度和其它重要品质性状间的关系及影响籽粒硬度的因素,本研究使用近红外仪测定栽培大豆微核心种质群体在2012-2014年的籽粒蛋白、油脂和水分含量的表型。该群体在三个年份中籽粒蛋白含量范围分别是38.0-49.7%、34.5-50.2%和 35.0-47.1%,籽粒油脂含量范围分别是 14.1-21.6%、13.7-24.1%和 16.4-24.6%。不同生态区和亚群的材料籽粒蛋白含量变化与大豆籽粒硬度变化基本一致,而籽粒油脂含量变化与大豆籽粒硬度变化相反。大豆籽粒硬度受材料生态区影响,与籽粒蛋白含量显着正相关,与籽粒油脂含量极显着负相关。利用与脂质代谢密切相关的1514个SNP标记,在216份大豆微核心种质群体中使用多位点关联分析mrMLM方法对大豆籽粒硬度指标Fm和H进行关联作图。结果表明:共定位到10个与Fm指标和10个与H指标显着关联（P≤0.0002）的位点。对微核心种质群体在2012-2014年间的籽粒油脂含量使用mrMLM模型进行关联分析,共定位到6个SNP标记显着关联。基于与Fm或H在多环境下显着关联的SNP:map-2655、Q-15-0087770和map-391的LD衰减距离,通过比较前人研究中可能与籽粒硬度相关的途径或基因,依据候选区段内的基因功能注释初步筛选到24个籽粒硬度候选基因。在硬度表型具有极端差异的材料中,分析与Q-15-0087770距离较近的5个候选基因在大豆三个生育期（R5、R6和R7）的相对表达量变化,得到Q-15-0087770落点基因Glyma.15G147800以及基因Glyma.15G149800可能与大豆成熟籽粒硬度相关。综上,本研究通过对大豆成熟籽粒硬度的全基因组关联分析,为理解目标性状的遗传基础提供了有效信息,为大豆的软籽粒分子标记辅助选择的品质育种提供新参考。
李向楠[3]（2018）在《大豆R6期产量及品质相关性状的关联分析》文中认为大豆是一种重要的粮食和油料作物,种子中蛋白质和油脂含量丰富。根据收获时期及用途的不同,大豆可分为粒用大豆和菜用大豆,前者是在成熟后收获主要用于榨油、制作豆浆和豆腐等豆制品、饲料加工;后者则是在鲜荚翠绿且籽粒饱满时收获主要作为一种豆类蔬菜。粒用大豆和菜用大豆在营养组分上存在着较大的差异,粒用大豆种子中以蛋白质和油脂主,而菜用大豆种子除了蛋白质和油脂含量丰富外,还含有大量的氨基酸、可溶性糖、淀粉、维生素、矿物质等。目前,国际市场对菜用大豆的需求量越来越大、品质要求也越来越高,而我国对大豆的产量和品质遗传机制的研究主要是针对粒用大豆,对菜用大豆的产量品质性状的遗传机制的研究基础薄弱且起步较晚。我国大豆种质资源材料地理来源广泛,并且经过世代间不断的分离重组,具有较高的遗传多样性以及丰富的优异等位基因。利用种质资源群体研究复杂数量性状,能够全面的解析其遗传机制,从而为分子设计育种提供标记、基因以及材料。本研究利用微核心种质群体和栽培大豆群体,基于全基因组SNP和SNPLDBs标记,对大豆R6期产量相关性状（百荚鲜重、百粒鲜重、百粒干重、出仁率、每荚粒数和鲜籽粒含水量）以及品质相关性状（油脂、淀粉和可溶性糖含量）,进行关联分析。筛选出控制产量和品质相关性状的功能标记、候选基因以及优异的等位变异,以期为菜用大豆高产优质育种提供有效依据。1.大豆微核心种质R6期产量相关性状的关联分析百荚鲜重、百粒鲜重、百粒干重、出仁率、每荚粒数和鲜籽粒含水量等是决定菜用大豆产量的重要性状。本研究利用大豆微核心种质群体以及1514个高质量的SNP（MAF>0.05）,在两个年份下,对大豆R6期产量相关性状进行全基因组关联分析。结果表明:（1）百荚鲜重、百粒鲜重、百粒干重、出仁率、每荚粒数和鲜籽粒含水量在微核心种质群体中存在广泛的表型变异,相关分析表明除部分性状之间相关不显着外,多数性状之间存在显着正相关;（2）两个年份共检测到27、18、24、46、46和20个SNP分别与百荚鲜重、百粒鲜重、百粒干重、每荚粒数、出仁率和鲜籽粒含水率显着关联;（3）13个SNP在两年及均值中均被检测到,其中7个SNP同时与2个或3个性状相关;（4）鉴定到的13个稳定关联的SNP中有11个位于已报道的粒重、荚熟期、每荚粒数、粒长、油脂和蛋白含量等产量和品质相关性状的QTL内;（5）13个SNP中有1 1个落于基因的编码区或3’端非翻译区,11个SNP落点基因中有2个基因没有功能注释,其余9个基因编码的产物可能参与植物抗性、光合作用、花发育、直链淀粉合成、植物激素响应及生长发育调控。对大豆R6期产量相关性状显着关联SNP位点的鉴定及候选基因的挖掘,有助于理解其遗传机制,为菜用大豆分子标记辅助选择和高产育种奠定基础。2.栽培大豆品种群体R6期产量相关性状的关联分析本研究利用133份中国栽培大豆,以及覆盖全基因组的82187个高质量的SNP（MAF>0.05）,在两个年份下,对R6期的百荚鲜重、百粒鲜重、百粒干重、鲜籽粒含水量、出仁率和每荚粒数进行全基因组关联分析。结果表明:（1）六个产量相关性状在栽培大豆群体中存在广泛的表型及遗传变异,性状遗传率为43.2%～96.7%,其中每荚粒数的遗传率最低,百荚鲜重遗传率最高;（2）性相关性分析显示,百荚鲜重、百粒鲜重和百粒干重极显着正相关,鲜籽粒含水量与百荚鲜重、百粒鲜重显着正相关;（3）133份栽培大豆划分为2个亚群,几乎所有的南方大豆被划分到第一亚群,而北方大豆主要被划分到第二亚群;（4）两个年份及均值共检测到14、15、63、48、1和7个SNP分别与百荚鲜重、百粒鲜重、百粒干重、鲜籽粒含水量、出仁率和每荚粒数显着关联,其中35个SNP在三次关联分析中均被稳定检测到,6个SNP同时与两个性状显着关联;（5）鉴定到的35个SNP与已报道的粒重、粒形、荚熟期、蛋白质、油脂和低聚糖含量相关QTL共位;（6）百荚鲜重和鲜籽粒含水量表型变异解释率较高的2个SNP位点分别为AX-90496773和AX-904902902,分别位于5号和16号染色体上,约34.5 kb、189.12kb的2个单倍域内;（7）根据功能注释、显着SNP落点和基因组织表达情况,在单倍域内预测了 6个基因作为百荚鲜重和鲜籽粒含水率的潜在候选基因;（8）qRT-PCR分析表明,种子发育过程中,在百荚鲜重或鲜籽粒含水率差异较大的材料之间,6个基因的表达模式和表达水平均存在显着差异。对大豆R6期产量相关性状显着关联SNP的鉴定及相关候选基因的发掘,有助于理解R6期大豆产量的遗传机制,为菜用大豆高产育种提供有用的信息。3.大豆微核心种质R6期品质相关性状的关联分析本研究利用224份大豆微核心种质和1378个SNPLDBs,采用RTM-GWAS方法,对两年大豆R6期种子中的油脂、淀粉和可溶性糖含量表型的BLUP值进行关联分析。结果表明:（1）群体内存在广泛的表型变异,表型频数分布基本符合正态分布,符合数量性状的遗传特点,适于进行关联分析;（2）脂肪、淀粉和可溶性糖含量等三个品质相关性状的遗传率较低,分别为41.1%、51.10%和65.5%,表明它们易受环境的影响;（3）与油脂、淀粉和可溶性糖含量相关的位点依次为20个、20个、16个,表型变异解释率分别为0.83%～7.75%、0.95%～7.82%、1.90%～5.94%,其中表型变异解释率大于3%的主效QTL有32个;（4）QTL-allele矩阵显示微核心种质群体中存在增效和减效等位变异,为分子设计育种的亲本组配提供信息。
张友谊[4]（2017）在《大豆微核心种质群体产量相关性状的全基因组关联分析》文中指出大豆[Glycine Max（L.）Merr.]是我国非常重要的粮油兼用作物,其产量的高低与大多数农艺性状有着间接或者直接联系,如:株高、主茎节数、分枝等。目前大豆相比于水稻、小麦等高产作物,产量偏低,育种进程相对缓慢。而借助分子标记与目标性状间的关联,深入剖析性状表型变异的遗传基础,对产量相关性状进行基因定位,不仅为分子标记辅助选择和基因克隆奠定基础,而且大大提高大豆高产育种的效率。大豆微核心种质（minicorecollection）代表了我国2.3万余份栽培大豆种质资源大约63.5%的遗传多样性,是用于大豆基因挖掘和品种改良的优异材料。本研究以224份大豆微核心种质为试验材料,并对表型数据进行了描述性统计分析和方差分析,探讨了产量相关性状之间的相互关系。利用覆盖全基因组1749个单核苷酸多态性（SNP）标记,对株高、主茎节数、分枝、茎粗、平均节间长和有效荚数等6个性状进行全基因组关联分析。在此基础上,对两种模型共同定位到的产量相关性状SNP位点进行优异等位变异的挖掘以及优异种质的筛选。通过对大豆产量相关性状紧密关联的SNPs进行全基因组的鉴定研究,为下一步进行大豆产量相关候选基因的筛选和功能标记辅助育种提供了新的参考。本试验主要研究结果如下:1、大豆微核心种质群体的株高、主茎节数、分枝、茎粗、平均节间长和有效荚数等6个产量相关性状间均变幅较大,各表型变异系数在16.96%-45.55%之间。通过方差分析发现品种间存在极显着差异。并且各性状的广义遗传率都较高,均在78.18%以上。在简单相关性分析中,除平均节间长与分枝和有效荚数不相关外,其它性状两两之间都达到极显着相关。其中株高和主茎节数的相关系数最大,达到了 0.885。2、在P<10-3（-1gP>3.00）条件下,运用GLM模型和MLM模型对6个性状共同关联到36个SNPs,其中株高共同关联到13个SNPs位点,分别位于2、6、8、10、11、15和18号染色体上;主茎节数关联到4个位点,分别位于5、6、10和11号染色体上;分枝关联到7个位点,分别位于2、6、7、8、13和18号染色体上;茎粗关联到9个位点,分别位于2、5、10、14、15和18号染色体上;平均节间长关联到1个位点,位于18号染色体上;有效荚数关联的2个位点都位于7号染色体上。位于10染色体上的标记Map-1899在株高、主茎节数、茎粗三个性状两种模型以及平均节间长GLM模型中都拥有最高的P值。3、分析GLM模型和MLM模型共同关联到的SNPs位点,筛选到36个拥有增效或者减效效应的优异等位变异。其中,株高筛选到6个增效等位变异,7个减效等位变异;主茎节数筛选到1个增效等位变异,3个减效等位变异;分枝筛选到4个增效等位变异,3个减效等位变异;茎粗筛选到7个增效等位变异,2个减效等位变异;平均节间长只筛选到1个增效等位变异（Gm184309759-A）;有效荚数筛选到1个增效等位变异,1个减效等位变异。然后探究优异等位变异在6个性状各20份极端材料（高或低）中的分布情况。结果表明,L92品种在株高、主茎节数、茎粗和平均节间长等4个性状中含有的增效优异等位变异均最多;在减效优异等位变异分布中,L5在株高、主茎节数和茎粗等3个性状中数量最多,L20在主茎节数、分枝和茎粗中数量最多。
刘学勤[5]（2015）在《世界大豆地域分化、遗传解析及演化关系的研究》文中研究表明栽培大豆起源于我国,作为最重要的经济作物,世界各地都有种植。在全世界多种多样的生态条件下,形成了大豆品种生态类型的多样性。这种多样性是不同品种在生长发育过程中对当地生态条件（主要是光照和温度）的综合反映。其中生育期是与地理纬度、日照时间和温度（光温敏感）密切相关的生态性状。在纬度高的地区,长日照和低温延迟大豆开花、结荚和成熟;在纬度低的地区,短日照和高温则促进大豆开花、结荚和成熟。而开花和成熟的早晚决定了株高、主茎节数等其他生长性状的状态。由于对光温条件的敏感,不同品种的适应范围不同。生育期组即熟期组（Maturity Group,MG）是北美提出的根据生育期长短来划分大豆品种的方法,由于该方法极大的提高了新品种的推广效率,被很多大豆生产国接受。我国由于气候条件多样和种植制度复杂,最初各地将大豆按早熟、中熟和晚熟来划分,但全国未建立统一分组标准,各地早中晚熟的内涵不同。直到2001年才有研究者参考北美大豆生育期组的划分方法,根据我国大豆品种生育期特点,对其进行了生育期组的划分,为今后我国大豆品种的生育期组归类奠定了基础。有关生育期性状的研究以往所利用的材料基本都是在MG 000～Ⅳ组之间的,而早熟组和晚熟组品种的遗传机制究竟有何不同至今还未见报道。世界各地大豆不仅生态类型多样化,遗传结构也发生了很大变化,群体形成特异性,群体间产生分化。研究世界不同地理群体种质资源的遗传多样性和亲缘关系,有助于了解地理群体之间的演化关系。本研究选取来自27个国家的371份世界大豆栽培品种,按照地理来源和引入先后分为13个地理区域:中国黄淮、中国南方、中国东北、俄罗斯远东、瑞典南部、朝鲜半岛、日本、东南亚、南亚、非洲、北美北部、北美南部和中南美（暂时未包含大豆生产很少的澳洲）。在南京（32°N）春播两年（11NJSp和12NJSp）、夏播一年（11NJSu）,黄淮济宁（35°N）春播两年（11JN和12JN）,分别记录它们的开花期、结荚期、成熟期及与之相关的株高、主茎节数、百粒重、蛋白质含量和油脂含量,并分析371份材料在5个环境下（11NJSp、11NJSu、11JN、12NJSp和12JN）生育期及其他农艺性状的分化和关系。然后利用新开发的“RTM-GWAS”关联分析方法,对371份大豆的开花期、结荚期、成熟期、株高和百粒重进行5个环境的联合全基因组关联分析（GWAS）。根据定位结果,获得QTL等位变异的效应,建立QTL-allele矩阵,了解不同生育期组在生育期性状方面的遗传结构差异。最后参考大豆从中国向全球传播的路线,利用371份材料和全基因组20,701个SNPLDB标记分析不同地理群体的的遗传多样性、群体结构和亲缘关系。为了研究世界大豆生育期组的归属,另补充141份大豆品种,除了同样在南京和济宁分别春播两年,还根据各地理来源品种的生育期特点分别在东北黑河（50°N）和牡丹江（45°N）对早熟和特早熟品种追加试验,在南京2013年春季对极晚熟品种追加试验。根据全部材料在南京春播的生育期表现,部分材料在黑河、牡丹江和济宁的生育期表现,综合对所有材料的生育期组归属进行鉴定。主要研究结果如下:1世界大豆品种不同地理群体生育期及其相关性状的变异特点371份世界大豆栽培品种的农艺性状变异十分广泛,在5个环境下平均开花期变幅为27～110天,结荚期为34～123天,成熟期为74～172天,株高为19～169 cm,主茎节数为5～36节,百粒重为4.48～36.47 g,蛋白质含量为38.32%～49.78%,油脂含量为15.72%～24.02%,世界大豆品种生育期及其相关性状变异悬殊。（1）其中中国黄淮和中国南方的开花期、结荚期和成熟期变异幅度都很大;（2）中国东北、俄罗斯远东和瑞典南部的生育期各阶段都较短,变异幅度也有所减小,蛋白质含量低而油脂含量高;（3）朝鲜半岛和日本在生育期性状的表现与中国黄淮和中国南方较为相似;（4）东南亚、南亚和非洲的生育期各阶段都较长,变异幅度也很大,植株高,主茎节数多,但百粒重小,蛋白质和油脂含量都偏低;（5）北美北部、北美南部和中南美的开花期、结荚期和成熟期的变幅最大,油脂含量较高。根据光温敏感性状（开花期、成熟期和主茎节数）的表型聚类,发现中国东北、俄罗斯远东、瑞典南部和北美北部属于光温最不敏感组;中国黄淮、中国南方、朝鲜半岛和日本属于光温不太敏感组;东南亚、南亚、非洲、北美南部和中南美属于光温敏感组。2世界大豆品种生育期组的归属与分布在盖钧镒等提出的一套在中国划分大豆品种生育期组方法的基础上,首先根据48份生育期组标准品种在南京两年春播的生育期表现为依据,对Ⅱ～Ⅷ组的品种进行生育期组的归属。鉴于早熟生育期组标准品种在南京春播的表现差异不明显,早熟品种分别根据在济宁、牡丹江和黑河的生育期表现依次对Ⅰ～Ⅴ组、0和Ⅰ组、000～0组进一步补充鉴定生育期组的归属。Ⅸ组和X组的标准品种由于在南京春播的生育期表现差异不大,未能完全将二组的品种完全分开,本研究将该二组的品种统一归为Ⅸ/Ⅹ组。因此以南京春播的生育期组归属结果为主,济宁、牡丹江和黑河的归属结果为辅将464份供试材料归属到000～Ⅸ/Ⅹ共12个生育期组。前人在对我国大豆品种进行生育期组划分时,发现0～Ⅲ组的品种开花期变异幅度很大,并根据开花期长度的不同对它们进行了前期短后期长和前期长后期短的亚组划分。本试验除了对0～Ⅲ组进行了亚组的划分外,还发现Ⅳ、Ⅵ、Ⅶ和Ⅷ组的品种前、后期变异也较大,可以用“开花期占全生育期的比重”划分亚组。V和Ⅸ/Ⅹ组的材料较少,分布范围也较窄,开花期差异小,未发现亚组的区别。亚组的划分与品种的复种制度有关,春播类型前期短后期长,夏秋播类型前期长后期短。最终在本试验中获得 000、00、01 Ⅰ1、Ⅱ1、Ⅱ2、Ⅲ1、Ⅲ2、Ⅳ1、Ⅳ2、Ⅴ、Ⅵ1、Ⅵ2、Ⅶ1、Ⅶ2、Ⅷ1、Ⅷ2、Ⅸ/Ⅹ共12组18个生育期类型。从世界不同地理区域分布的大豆品种生育期组类型看,瑞典南部的大豆品种全部是000组的材料;俄罗斯远东地区主要是01～Ⅳ1组的材料;我国东北地区的品种生育期类型在000～Ⅳ1组之间;我国黄淮地区的品种在Ⅰ1～Ⅳ2组之间;我国南方地区品种在Ⅱ1～Ⅷ2组;日本和朝鲜半岛的品种在01～Ⅶ2之间;东南亚和南亚品种的生育期类型在Ⅲ1～Ⅸ/X组之间;北美北部的品种在01～Ⅶ1组之间;北美南部和中南美的品种生育期类型相似,在Ⅴ～Ⅷ1之间;非洲的品种主要在Ⅶ2～Ⅸ/Ⅹ组之间。在黑河对供试品种进行生育期组鉴定时,发现来自我国的登科2号（N27419）、呼交 07-2479（N27298）和呼交 07-2123（N27299）都比 MG 000 组标准品种 Maple Presto（PI 548594）和OAC Vision（PI 567787）提早成熟7～13天,推测我国大豆品种有向更早熟方向发展的趋势。3世界大豆品种生育期及其相关性状的全基因组遗传构成利用全基因组关联定位的方法在全世界371份材料中检测到38个QTL与开花期相关,表型变异解释率总和为82.80%;42个QTL与结荚期相关,表型变异解释率总和为83.10%;45个QTL与成熟期相关,表型变异解释率总和为72.70%。本研究所利用的材料生育期组来源广泛,生育期性状变异大,关联定位结果对表型变异的解释率较高,其中大贡献率QTL（R2>5%）开花期有5个,分别为qFt-a-04-02、qFt-a-11-01、qFt-a-13-02、qFt-a-18-04 和 qFt-a-20-03;结荚期有 5 个,分别为 qPb-a-04-02、qPb-a-06-03、qPb-a-11-03、qPb-a-13-01 和 qPb-a-18-02;成熟期有 4 个,分别为qMt-a-03-01、qMt-a-03-02、qMt-a-06-03 和 qMt-a-11-02。与 Soybase 数据库公布的生育期QTL定位结果相比,本研究有16个开花期QTL与公布的66个中的32个开花期位点重叠,有3个结荚期QTL与公布的6个中的3个结荚期位点重叠,有26个成熟期QTL与公布的138个中的64个成熟期位点重叠,在世界群体中新发现的QTL有开花期22个,结荚期39个,成熟期19个,世界大豆群体中生育期性状的遗传基础有待进一步揭示。根据204个开花期等位变异效应,229个结荚期等位变异效应和211个成熟期等位变异效应,分别构建开花期、结荚期和成熟期QTL-allele矩阵。在晚熟类型Ⅶ～Ⅸ/Ⅹ 组发现有 5 个开花期特有等位变异（qFt-a-01-01（G）、qFt-a-08-01（A）、qFt-a-13-01（6）、qFt-a-13-02（10）和 qFt-a-20-01（C））,2 个结荚期特有等位变异（qPb-a-07-02（3）和 qPb-a-11-02（7））和 3 个成熟期特有等位变异（qMt-a-07-02（4）、qMt-a-11-02（5）和qMt-a-18-01（A））。而在000～Ⅳ组只发现1个结荚期特有等位变异（qPb-a-18-01（2））。分析生育期性状等位变异在12个生育期组的分化以及QTL-allele矩阵时,发现特早熟大豆的遗传特点是减效等位变异的聚合与重组,特晚熟大豆的遗传特点主要是新生增效等位变异,以及增效等位变异的聚合重组。根据Williams 82基因组信息对这些关联位点进行功能注释,最终有34个开花期位点、32个结荚期位点和30个成熟期位点得到功能注释。发现其中一些位点的候选基因功能有直接与花器官的形态建成和发育相关,如雄蕊发育（Glyma05g02470）,花瓣发育（Glyma18g44391）、花器官的形成（Glyma13g26820）;与光相关,如在UV光下花色素苷的积累（Glyma08g20700）、光形态建成（Glyma06g41500）、长日照光周期调控（Glyma13g24970）、短日照光周期调控（Glyma07g06420）。4 世界大豆品种的地理群体分化,亲缘关系和关于传播路线的遗传验证全基因组单倍型标记SNPLDB在大豆起源中心中国黄淮和中国南方以及早期形成的大豆二级中心朝鲜半岛具有较高的遗传多样性,拥有的等位变异数占全世界的74%以上,但特有等位变异数却分别只有8、11和2个。而新形成的衍生中心,遗传多样性水平较低,但却比起源中心拥有更多的特有等位变异,如北美北部、俄罗斯远东、瑞典南部和南亚分别有28、41、41和67个。起源中心中国黄淮和中国南方之间分化很小（Fst=0.054）,同样二级中心朝鲜半岛和日本之间分化也很小（Fst=0.053）,但三级中心北美北部和北美南部之间发生了较大的分化（Fst=0.153）。起源中心和二级中心朝鲜半岛和日本之间的分化并不大（Fst=0.110～0.136）,但与二级中心中国东北之间的分化较大（Fst=0.158～0.196）,尤其与三级中心北美群体间的分化更大（Fst=0.196～0.233）。以往习惯将中国东北纳入中国起源中心,本研究根据群体分化的结果将中国东北列为第一个二级中心。除了瑞典南部与其他所有地理群体间的分化系数都较大,美洲群体与亚非群体之间的分化也非常明显。根据不同地理群体的连锁不平衡程度可以看出古老群体的衰减距离比新生群体的短,说明古老中心在长期进化历史中比新生中心发生了更多的重组事件。群体遗传聚类和品种遗传聚类结果相似,但与表型聚类结果并不十分吻合。说明遗传适应性不是完全取决于生态环境因素,还取决于育种方向。起源中心和来自亚洲的各个地理群体遗传关系较近,尤其与东南亚、南亚和非洲衍生群体较近,而朝鲜半岛和日本虽然与起源中心聚在一起,但却归入不同的遗传类群;中国东北与俄罗斯远东、瑞典南部具有部分相似的遗传基础,同时与北美北部也有较近的遗传关系;美洲中心的三个群体聚在一起,但北美南部和中南美之间的遗传关系更近。由以上地理群体的生育期组特征及群体间的遗传关系,验证了前人提出的大豆在全世界传播路线的假设:由中国起源中心首先向北部传播至中国东北和俄罗斯远东,而更早熟的大豆品种被传播到瑞典南部;其次传播到朝鲜半岛和日本;再向南部传播到东南亚、南亚,以及进一步向非洲传播;晚近向北美传播,又从北美南部传至中南美地区。大豆在各地域定居后,按照当地需要的育种方向各自形成现有的多样性群体。
张志华[6]（2013）在《中国栽培大豆SKTI类型多态性研究》文中提出栽培大豆（Glycine max （L.） Merrill）属于豆科（Leguminosae），蝶形花亚科（Papilionatae），大豆属（Glycine）中黄豆亚属（Soja）的一个种。栽培大豆籽粒中含有约40%的蛋白质和20%的脂肪，因而既是重要的粮食作物，又是主要的油料作物，还可作牲畜饲料及工业原料，在世界范围内广泛栽培种植。Soja亚属中除包括栽培大豆外，还有一年生野生大豆（Glycine soja Sieb. et Zucc.），为栽培大豆的野生近缘种。大豆Kunitz型胰蛋白酶抑制剂（Soybean Kunitz Trypsin Inhibitor，SKTI）是大豆种子贮藏蛋白中所含有的一种丝氨酸蛋白酶抑制剂，能够特异抑制胰蛋白酶。SKTI广泛存在于栽培大豆和野生大豆中，具有多种变异类型，常作为一种遗传标记用来研究大豆的起源与传播。本研究对我国10131份大豆地方品种进行了SKTI多态性鉴定，使用20对细胞核SSR（nuSSR）引物和5对叶绿体SSR（cpSSR）引物对具有不同SKTI类型的187份地方品种代表性样本进行了遗传多样性分析。结果如下：1.在10131份大豆地方品种中共检测到41份Tib类型材料、2份Tic类型材料和1份Tid类型材料。Tia、Tib、Tic和Tid频率分别为99.57%、0.40%、0.02%和0.01%。Tib类型材料仅在8个省检测到，Tib频率从高到低依次为甘肃（21份，7.320%）、黑龙江（5份，1.044%）、吉林（7份，0.906%）、云南（2份，0.680%）、辽宁（3份，0.441%）、福建（1份，0.386%）、山东（1份，0.344%）、江苏（1份，0.173%）；Tic类型材料仅在辽宁省检测到2份，位于大连和丹东地区；Tid类型1份，位于甘肃省文县。通过对SKTI基因的测序分析，首次在栽培大豆中检测到Tibi7类型，根据Tibi7在中国野生大豆中也有分布这一事实，毫无疑问地证明了在中国出现过栽培大豆的驯化事件。2.在细胞核水平上Tib类型材料遗传多样性低于Tia类型，但是在叶绿体基因组水平上Tib类型材料明显高于Tia类型，暗示Tib类型大豆在驯化过程中可能来源于较多的野生大豆个体祖先，而不是来源于单一祖先。聚类分析显示不同地区的Tib类型材料存在优先聚类的现象，说明Tib类型材料之间具有祖先亲缘性。来源于甘肃省的Tib类型大豆地方品种的叶绿体单倍型类型丰富，并以Ⅱ型和Ⅲ型为主，具有Ⅱ型叶绿体单倍型的大豆地方品种很可能是其他地区的同类型大豆的主要来源；基于甘肃Tib类型大豆具有较高的遗传多样性，并与其他省区Tib类型材料亲缘关系密切等因素，推测甘肃地区是栽培大豆Tib类型的起源中心。3.187份代表性样本中黄淮地区（尤其是甘肃东南部地区）栽培大豆地方品种遗传多样性较高，其次为南方地区，而东北地区最低。不同生态类型之间，细胞核水平上黄淮夏大豆遗传多样性最高，叶绿体水平上北方春大豆遗传多样性最高。聚类分析结果表现出地理分化为主、生态类型分化为辅的总趋势；但是，在叶绿体水平上东北春大豆与南方春大豆表现出较近的遗传关系，南方夏大豆与黄淮夏大豆和北方春大豆遗传距离更近。
南海洋[7]（2010）在《大豆胞囊线虫抗病候选基因rhg1多样性及分子标记开发与利用》文中进行了进一步梳理大豆胞囊线虫（Heterodera glycines Ichinohe）,英文名称是Soybean Cyst Nematode,简称SCN,是造成大豆减产的主要病害之一。实践证明培育和种植抗病品种是防治病害的最有效途径,研究大豆胞囊线虫抗病基因并根据抗病基因开发的标记用于分子标记辅助育种是加快抗病品种选育进程的基础。rhg1作为大豆胞囊线虫抗病候选基因能解释SCN3号生理小种贡献50%以上的抗性,本研究首先通过对5份大豆资源rhg1同源序列分子分析以明确rhg1在大豆基因组上的同源基因及rhg1基因进化模型；随后对57份栽培大豆材料的rhg1的多样性进行分析及控制群体结构的GLM关联分析,阐明rhg1基因SNP的发生频率及分布特点,发掘与SCN抗性相关的SNP位点；最后对57份大豆资源rhg1序列中的InDels位点与大豆资源的抗性进行了关联分析,发掘与SCN抗性相关InDels标记。为合理利用大豆种质拓宽抗性遗传基础以及SNP标记辅助选择提供理论依据和技术手段。主要研究结果如下：1.明确了rhg1与其同源基因的进化关系。克隆了多年生野生大豆（2份）、一年生野生大豆（1份）和栽培大豆地方品种（1份）及选育品种（1份）的rhg1及其同源序列,两者位于染色体Gm18和Gm11上,结构预测显示rhg1与其同源基因皆具有抗病基因结构,进化分析推测新基因产生的模型为EAC模型,rhg1具有新基因功能,而rhg1同源基因为祖先基因。2.明确了rhg1的序列多态性及SNP发生规律。57份材料的rhg1全基因共发现63个SNPs,包括57个碱基替换和5个Indels,突变频率为1/80.6,共发现错义突变位点9个,其中3个发生在基因结构域内（均发生在激酶结构域内）。57份大豆种质的rhg1基因多样性π为0.00313,θ为0.00255；地方大豆的序列多态性（π为0.00335,0为0.00273）明显高于选育大豆（π为0.00206,θ为0.00227）,说明了rhg1基因在育种中受到人工选择的作用。rhg1单倍型分析显示HAP-3和HAP-4为参试材料的优势单倍型,且这两个单倍型为抗病相关的单倍型。3.扫描到与SCN抗性相关的SNP位点。通过57份大豆资源rhg1候选基因与SCN抗性的关联分析发现：57份大豆资源组成的自然群体中存在遗传结构,位于rhg1基因2480bp位置SNP位点（G/A）与SCN抗感表型显着相关（0.05水平）,但是这个位于激酶结构域内的SNP未导致氨基酸的变化,其对抗性的贡献机制还需进一步研究。4.发掘与SCN抗性相关的InDels标记。根据rhg1序列中的插入删除位点开发了3个InDels标记,33份材料中rhg1-I4等位变异与大豆胞囊线虫抗病性相关。将rhg1-I4标记与satt309配合使用,在胞囊线虫抗病资源鉴定上的效率为88.2%,显着提高了标记辅助选择的效率。
邱丽娟,李英慧,关荣霞,刘章雄,王丽侠,常汝镇[8]（2009）在《大豆核心种质和微核心种质的构建、验证与研究进展》文中认为我国作物种质资源长期库中保存大豆资源2.3万余份,数量居世界之首。然而,大豆资源在新品种培育中的利用率仅为1%左右,导致大豆育成品种的遗传基础趋于狭窄。主要原因是缺少对其重要经济性状的鉴定,尤其是缺少多年多点的评价,难以定向选择有重要价值的育种亲本。为了加速大豆资源的评价并促进其利用,在国家基础研究项目（973）的连续资助下,开展了"大豆核心种质构建（1998—2003）"和"大豆微核心种质基因多样性（2004—2009）"研究,目的是浓缩大豆资源的遗传多样性,强化其表型和基因型鉴定,为发掘和利用大豆资源中的优异基因提供指导。本文在研究构建不同比例（占总体2%5%）大豆核心种质和大豆微核心种质（占总体1%）的同时,介绍了核心种质补充和完善的研究进展。为了验证核心种质的代表性,从SSR位点、样本组成、取样比例、低频率等位变异4个方面对代表性进行了分析,并用随机抽样方法对核心种质代表性进行了检测和验证。文中还介绍了利用核心种质和微核心种质在新基因发掘、种质创新和育种利用方面的研究进展,尤其介绍了与育种单位密切合作,建立基于核心种质的种质创新与利用体系的研究成效。围绕遗传多样性、核心种质利用方式进行了讨论,指出大豆核心种质为性状鉴定、新基因发掘、新种质创造和新品种培育等理论研究和实际应用提供材料基础,具有潜在的应用前景。实践证明,大豆种质资源的系统研究与利用,将促进我国大豆种质资源由数量保存型向研究应用型转变。
张军[9]（2008）在《我国大豆育成品种的遗传多样性，农艺性状QTL关联定位及优异变异在育种系谱内的追踪》文中提出1923—-2005年我国共育成大豆品种1300个,这是我国大豆育种最重要核心的种质资源,揭示其遗传多样性、特异性和群体间遗传关系,可为拓宽我国大豆的遗传基础提供理论依据。本研究选取由378份我国大豆育成品种所组成的代表性样本,加上朝鲜半岛、东南亚和南亚的110份栽培大豆为参照,利用大豆核基因组均匀分布的64个SSR标记分析我国大豆育成品种及亚洲引入大豆品种的遗传多样性,探讨我国大豆育成品种不同群体的遗传特异性与互补性,以及亚洲引入品种对拓宽我国大豆遗传基础的潜在可能性。在此基础上,增加与农艺性状相关的21个SSR标记合计85个标记对378份中的我国黄淮和南方190份有代表性的大豆育成品种基因组进行扫描,检测群体结构、搜索连锁不平衡位点,并采用TASSEL软件的GLM方法对2年有重复田间试验的11个农艺性状QTL进行关联分析,进一步追查产量和品质优异等位变异在黄淮和南方主要大豆育成品种家族系谱中的踪迹。获得主要结果如下。1.我国大豆育成品种群体遗传丰富度为572个等位变异,平均每个位点等位变异数为8.94个,多态性信息量PIC为0.752。文自翔（2008）利用基本同样标记研究我国大豆地方品种群体、野生大豆群体平均每个位点等位变异数（Simpson指数）分别为16.3个（0.74）、17.6个（0.86）。我国大豆育成品种群体相对于大豆地方品种群体、野生大豆群体,局限在所用的祖先亲本,其遗传基础趋于狭窄,宜拓宽其遗传基础保障未来大豆育种可持续发展。2.在遗传丰富度和多样性指数基础上提出用群体间特有、特缺、互补等位变异评价我国大豆育成品种亚群间遗传多样性,分省亚群（黑龙江、吉林、辽宁、河南、山东、安徽、北京和江苏）间都存在较多互补等位变异,最多的在辽宁与河南亚群间。分时期亚群随着时间推移旧的等位变异在消失,而新的等位变异不断增加,绝大部分亚群新增加的等位变异多于旧消失的。分省亚群、分时期亚群分类与SSR标记遗传距离聚类间有显着相关,省份分群、时期分群都有其相应的遗传基础。研究结果启示分省亚群间存在的互补等位变异较多,在新品种选育中应加强各省间大豆育成品种种质交流、增加优异基因相互渗透,找到拓宽分省亚群遗传多样性恰当的对象亚群；各分时期亚群有着明显遗传差异,保存过去的大豆育成品种为培育新品种贮备材料。3.亚洲大豆育成品种群体遗传丰富度为585个等位变异,平均每个位点等位变异数为9.14个,多态性信息量PIC为0.733。SSR标记无根树状遗传关系聚类群体分类将亚洲大豆育成品种归为我国国内与国外2大类群,群体结构研究亚洲全群由2类血缘组成,分别占我国国内和国外2大类群的绝大部分；地理群体间2类血缘组成的差异明显。国外大豆是由中国传播出去的,但是各国特殊的地理生态条件和人工选择,使其与我国国内大豆产生分化。4.亚洲大豆育成品种地理群体间,即我国东北、我国黄淮、我国南方、朝鲜半岛、东南亚、南亚群体间,存在较多互补等位变异,最多的在我国黄淮与南亚群体间；各地理群体拥有各自特有、特缺的等位变异。国内与国外各群体间以我国南方与东南亚育成品种群体间分化最小；国外群体以东南亚与朝鲜半岛育成品种群体间分化最小；国内群体以我国黄淮与我国南方的育成品种群体分化最小。亚洲大豆育成品种地理群体间具有位点和等位变异的特异性,各群体间可以相互补充的位点及其等位变异甚丰富,利用亚洲引入品种有可能拓宽我国大豆的遗传基础。5.大豆育成品种群体在公共图谱上不论共线性或非共线性的SSR位点组合广泛存在连锁不平衡（LD）,但不平衡程度D’>0.5的位点组合数只占总位点组合的1.71%,共线位点D’值随遗传距离的衰减较快。SSR数据遗传结构的分析结果,大豆育成品种群体由7个亚群体组成,矫正后全群体中共有45个位点累计有136个位点（次）与11个大豆农艺性状QTL关联,其中有22个位点（次）与家系连锁定位的QTL区间相重,43个位点（次）2年重复出现。与文自翔（2008）利用大体相同的标记对大豆地方品种群体和野生群体进行关联分析结果只有少数关联位点相同,而大多数关联位点不同。大豆育成品种群体与大豆地方品种群体、野生大豆群体在百粒重、株高等6个性状相同关联位点总数占总位点数的分别为3.3%、3.4%。表明大豆育成品种群体遗传结构的确与大豆地方品种群体、野生大豆群体存在明显差异。6.我国黄淮和南方的主要大豆育成品种家族58-161、徐豆1号、齐黄1号、南农493-1、南农1138-2的产量优异等位变异追踪结果,系谱祖先具有各自的优异等位变异,在系谱祖先基础上新品种衍生过程中逐步累积了更多的优异等位变异；随着育种轮次的推移,系谱祖先具有的优异等位变异在后育成品种中有较多丢失的表现；大豆高产与低产、各高产品种之间优异等位变异结构差异非常明显；高产品种没有吸纳全部产量优异等位变异,启示大豆产量有进一步改良潜力。
郭娟娟[10]（2007）在《国外引进种质在我国大豆育种中的利用研究》文中研究说明引进大豆种质中具有大量的优异基因,它的引入,不仅能够丰富大豆资源宝库,还有利于提高大豆品种的生态适应性,拓宽大豆种质遗传基础。目前对引进大豆种质利用的基础研究还很少。本研究利用SSR技术对引进种质、我国大豆祖先亲本、我国自育品种及引进种质的衍生品种进行遗传多样性分析;并利用系谱分析法及SSR技术分析了2005年以前利用着名引进种质日本十胜长叶育成的195个大豆品种中十胜长叶的遗传贡献情况,为更加充分合理的利用引进种质提供理论依据。主要研究结果如下:1.用同一组SSR引物检测引进种质、祖先亲本、祖先亲本育成品种、引进种质育成品种的遗传多样性,发现引进种质的遗传多样性显着低于祖先亲本,而引进种质育成品种的遗传多样性却显着高于祖先亲本育成品种,说明引进种质的利用拓宽了我国大豆育成品种的遗传基础。2.引进种质与我国大豆品种不同群体的聚类和主成分分析,从分子水平上论证了引进种质的利用拓宽了我国大豆遗传基础,但其利用还具有很大潜力。3.195个十胜长叶衍生品种分布在吉林、黑龙江、辽宁、北京四个省市,其中92.2%的品种是由杂交育成的。系谱分析显示:遗传贡献值为12.50%、6.25%和25%的衍生品种数最多,占衍生品种总数的77.3%,说明十胜长叶的利用以至少三交效果比较好,通过复交有力于聚合国内外品种的优良特性。
二、黄淮夏大豆遗传多样性分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、黄淮夏大豆遗传多样性分析（论文提纲范文）
（1）中国南方大豆种质资源的地理-季节分化与耐荫相关性状的遗传解析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词及英汉对照 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 大豆种质资源研究进展 |
| 1.1 大豆种质资源的构成与收集现状 |
| 1.2 大豆种质资源的生态类型和生态区划分 |
| 1.3 大豆种质资源遗传关系研究进展 |
| 1.4 中国南方大豆种质资源收集和利用现状 |
| 2 大豆种植模式及间套种研究进展 |
| 2.1 大豆种植模式 |
| 2.2 我国南方大豆间套作模式研究进展 |
| 3 植物耐荫性研究进展 |
| 3.1 植物的荫蔽胁迫 |
| 3.2 植物响应荫蔽胁迫的信号通路 |
| 3.3 植物响应荫蔽胁迫过程中的相关激素 |
| 3.4 大豆耐荫性研究进展 |
| 4 关联分析对植物复杂性状的遗传解析 |
| 4.1 关联分析的条件 |
| 4.2 关联分析方法进展 |
| 4.3 全基因组关联分析在作物中的应用 |
| 5 本研究目的、意义与技术路线 |
| 第二章 材料和方法 |
| 1 供试材料来源及分布 |
| 2 中国南方大豆种质资源群体(SCSGP)基因型鉴定 |
| 2.1 测序PCP-free文库构建和质检 |
| 2.2 上机测序与下机数据处理 |
| 2.3 SNP连锁不平衡区段(SNPLDB)的划分 |
| 3 SCSGP地理-季节生态亚群遗传分化的分析方法 |
| 3.1 遗传多样性指标 |
| 3.2 群体分化系数 |
| 3.3 特异等位变异分析 |
| 3.4 连锁不平衡度的分析 |
| 3.5 系统进化树分析 |
| 4 栽培大豆耐荫性鉴定体系的建立及对中国南方种质资源的鉴定 |
| 4.1 性状测定标准 |
| 4.2 表型数据分析 |
| 4.3 预试验材料及设计 |
| 4.4 遮光度筛选试验材料及设计 |
| 4.5 耐荫性指标筛选试验材料及设计 |
| 4.6 耐荫性鉴定时期筛选试验材料及设计 |
| 4.7 中国南方大豆种质资源耐荫性鉴定试验材料及设计 |
| 5 中国南方大豆耐荫性遗传解析 |
| 5.1 RTM-GWAS分析步骤 |
| 5.2 QTL-allele矩阵的构建和生态亚群间的分化 |
| 5.3 候选基因预测 |
| 5.4 蛋白互作网络分析 |
| 5.5 优化组合设计 |
| 第三章 中国南方大豆地理-季节类型群体间的分化 |
| 1 测序下机数据过滤与比对结果 |
| 2 全基因组SNPLDB标记特征 |
| 3 中国南方大豆群体的遗传多样性 |
| 4 中国南方栽培大豆生态群体间的分化系数 |
| 4.1 中国南方栽培大豆地理群体的分化系数 |
| 4.2 中国南方栽培大豆播季亚群的分化系数 |
| 5 中国南方栽培大豆始花期和光温敏感性的生态分化 |
| 5.1 中国南方栽培大豆的始花期分化 |
| 5.2 中国南方栽培大豆的光温敏感性分化 |
| 5.3 地理和播季因子在中国南方栽培大豆群体中的互作 |
| 6 中国南方大豆的遗传关系 |
| 6.1 基于遗传距离聚类的分析 |
| 6.2 基于连锁不平衡度的分析 |
| 6.3 等位变异水平上证实中国南方栽培大豆的传播途径 |
| 7 讨论 |
| 7.1 中国南方栽培大豆的地理及季节分化 |
| 7.2 中国南方大豆遗传进化关系 |
| 第四章 栽培大豆耐荫性鉴定体系的建立及中国南方大豆耐荫性的变异 |
| 1 大豆对荫蔽胁迫的响应 |
| 2 遮光度筛选试验 |
| 3 耐荫鉴定指标的筛选 |
| 4 耐荫鉴定时期的筛选 |
| 5 耐荫性鉴定及变异 |
| 6 讨论 |
| 6.1 耐荫鉴定体系的建立 |
| 6.2 中国南方大豆耐荫性的特点 |
| 第五章 中国南方大豆耐荫性的遗传基础及其生态群体分化 |
| 1 中国南方大豆种质资源群体的耐荫性 |
| 2 关联分析群体的遗传相似矩阵及连锁不平衡度 |
| 3 中国南方大豆种质资源群体GWAS解析 |
| 3.1 耐荫性状的关联位点 |
| 3.2 关联结果的结构组成 |
| 4 耐荫性QTL-allele矩阵的建立及生态亚群间的分化 |
| 4.1 不同生态亚群耐荫性QTL-allele的分化 |
| 4.2 特异材料间耐荫遗传结构差异 |
| 5 耐荫性遗传位点的基因注释 |
| 6 讨论 |
| 6.1 RTM-GWAS对耐荫性检测的功效 |
| 6.2 大豆耐荫性遗传基础 |
| 6.3 候选基因涉及的耐荫调控网络 |
| 第六章 大豆耐荫性相关性状的遗传解析与地理-季节亚群分化 |
| 1 耐荫性相关性状的分化 |
| 1.1 耐荫性相关性状在各亚群的分化 |
| 1.2 耐荫性相关性状的方差分析 |
| 2 耐荫性相关性状的遗传解析 |
| 2.1 耐荫性相关性状的关联位点 |
| 2.2 耐荫性相关性状的QTL-allele矩阵的建立 |
| 3 耐荫性相关性状QTL-allele矩阵在不同生态亚群的分化 |
| 3.1 株高QTL-allele矩阵在不同生态亚群的分化 |
| 3.2 主茎节数QTL-allele矩阵在不同生态亚群的分化 |
| 3.3 平均节间长QTL-allele矩阵在不同生态亚群的分化 |
| 4 讨论 |
| 4.1 耐荫性相关性状遗传位点与己报道位点的比较 |
| 4.2 耐荫性相关性状的候选基因体系 |
| 第七章 中国南方大豆地理-季节生态性状的遗传分化及对拓展大豆种植范围的启示 |
| 1 始花期和光温敏感性的方差分析 |
| 2 始花期全基因组遗传解析 |
| 2.1 始花期的关联位点及QTL-aele矩阵的建立 |
| 2.2 不同生态亚群始花期遗传基础的分化 |
| 2.3 大豆始花期的特异等位变异分布及其基因功能分析 |
| 3 光温敏感性全基因组遗传解析 |
| 3.1 光温敏感性的关联位点及QTL-allele矩阵的建立 |
| 3.2 不同生态群体光温敏感性遗传基础的分化及对拓宽大豆种植范围的启示 |
| 3.3 大豆光温敏感性特异等位变异的分布及其基因功能分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 中国南方大豆的生态适应性遗传基础 |
| 4.2 长童期品种的遗传机制及利用前景 |
| 第八章 耐荫性与各性状关系及间套种优化组合设计 |
| 1. 耐荫性与其组成性状及生态性状的关系 |
| 1.1 耐荫性和其它性状表型的相关性 |
| 1.2 耐荫性和其它性状的遗传关系 |
| 1.3 耐荫性与其它性状候选基因的蛋白-蛋白互作关系 |
| 2. 大豆间套种育种潜势预测及优化组合设计 |
| 2.1 耐荫性及其组成性状的育种潜势预测及优化组合设计 |
| 2.2 主要生态性状的育种潜势预测 |
| 2.3 适用于间套种大豆品种的综合预测 |
| 3 讨论 |
| 3.1 耐荫性与其它性状相互协作的同时又具有其特异性 |
| 3.2 QTL-allele矩阵优化组合设计与全基因组选择(GS)的优缺点 |
| 3.3 南方大豆种质资源的优化组合设计 |
| 第九章 综合讨论、结论和创新点 |
| 1 综合讨论 |
| 1.1 中国南方是大豆种质资源的宝库 |
| 1.2 认识和解析耐荫性可助推大豆振兴计划 |
| 1.3 栽培大豆地理-季节分化及遗传演化的探讨 |
| 2 全文主要结论 |
| 2.1 相对株高和节间长构成的耐荫指标具有准确、稳定、简单、通用和高效的特点 |
| 2.2 耐荫性是典型的的主-多基因遗传系统控制的数量性状 |
| 2.3 耐荫性与其成分性状及生态性状既有协作关系又有其独特性 |
| 2.4 南方大豆在传播过程中具有向光温敏感和钝感两个方向进化的遗传基础 |
| 2.5 长江中下游的夏豆群体是南方栽培大豆中最原始的类型 |
| 3 全文主要创新点 |
| 3.1 重测序数据结果支持和发展了中国南方是栽培大豆起源中心的观点 |
| 3.2 建立了准确的大豆耐荫性鉴定体系并获得耐荫优异等位变异及耐荫遗传结构互补的种质资源 |
| 3.3 挖掘出大豆光温敏感和钝感的优异等位变异并分别获得遗传结构互补的种质资源 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 |
（2）大豆成熟籽粒硬度的全基因组关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 大豆籽粒硬度研究进展 |
| 1.1 籽粒硬度测量方法 |
| 1.2 影响大豆籽粒硬度的因素 |
| 1.3 大豆籽粒硬度的连锁分析 |
| 2 关联分析的研究与应用 |
| 2.1 关联作图群体的选择 |
| 2.2 基因分型和表型鉴定 |
| 2.3 连锁不平衡 |
| 2.4 群体结构和亲缘关系 |
| 2.5 关联分析方式与方法 |
| 2.6 大豆品质性状全基因组关联分析研究进展 |
| 3 本研究的目的意义和技术路线 |
| 3.1 研究目的和意义 |
| 3.2 研究内容和技术路线 |
| 第二章 大豆成熟籽粒硬度表型鉴定 |
| 1 试验材料与方法 |
| 1.1 供试大豆材料 |
| 1.2 田间设计与管理 |
| 1.3 籽粒硬度测定方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 籽粒硬度表现 |
| 2.2 籽粒硬度的次数分布和方差分析 |
| 2.3 种质材料来源生态区、所属亚群与籽粒硬度的关系 |
| 3 讨论 |
| 3.1 中国栽培大豆微核心种质群体 |
| 3.2 大豆成熟籽粒硬度的特征 |
| 3.3 大豆成熟籽粒硬度与材料生态区和亚群的关系 |
| 第三章 大豆成熟籽粒硬度相关性状的研究 |
| 1 试验材料与方法 |
| 1.1 供试大豆材料 |
| 1.2 田间设计与管理 |
| 1.3 表型鉴定方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 籽粒硬度和籽粒吸水率的相关性 |
| 2.2 籽粒蛋白、油脂和水分含量表现 |
| 2.3 籽粒蛋白、油脂和水分含量与材料生态区和亚群的关系 |
| 2.4 籽粒硬度与大豆其他主要品质性状的相关性分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 大豆籽粒蛋白含量、油脂含量和含水量与吸水率 |
| 3.2 大豆品质性状与生态区和亚群的关系 |
| 3.3 大豆籽粒硬度与其他主要品质性状的相关性 |
| 第四章 大豆成熟籽粒硬度和油脂含量的关联定位 |
| 1 试验材料与方法 |
| 1.1 供试材料 |
| 1.2 基因分型和LD分析 |
| 1.3 群体结构和亲缘关系 |
| 1.4 GWAS使用的模型 |
| 1.5 候选基因预测和注释 |
| 1.6 候选基因表达分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 大豆微核心种质LD分析、群体结构与亲缘关系 |
| 2.2 大豆籽粒硬度的全基因组关联分析 |
| 2.3 大豆籽粒油脂含量的全基因组关联分析 |
| 2.4 大豆成熟籽粒硬度候选基因功能注释 |
| 2.5 大豆成熟籽粒硬度候选基因表达模式 |
| 3 讨论 |
| 3.1 大豆微核心种质的LD分析、群体结构和亲缘关系 |
| 3.2 大豆微核心群体籽粒硬度和油脂含量的关联分析 |
| 3.3 大豆籽粒硬度候选基因的功能注释和表达分析 |
| 全文总结 |
| 本研究创新之处 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
（3）大豆R6期产量及品质相关性状的关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 植物数量性状定位的方法研究 |
| 1.1 分子标记 |
| 1.2 连锁定位 |
| 1.2.1 作图群体 |
| 1.2.2 遗传图谱 |
| 1.2.3 连锁定位的方法 |
| 1.3 关联分析 |
| 1.3.1 连锁不平衡 |
| 1.3.2 影响连锁不平衡的因素 |
| 1.3.3 关联分析的应用方法 |
| 2 大豆产量和品质相关性状研究进展 |
| 2.1 大豆株型研究进展 |
| 2.2 大豆产量因子研究进展 |
| 2.3 大豆生育时期研究进展 |
| 2.4 大豆蛋白含量研究进展 |
| 2.5 大豆脂肪含量研究进展 |
| 2.6 大豆可溶性糖含量研究进展 |
| 2.7 大豆淀粉含量研究进展 |
| 3 本研究的目的与意义 |
| 第二章 大豆微核心种质R6期产量相关性状的关联分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 供试材料 |
| 1.2 试验设计 |
| 1.3 表型测定 |
| 1.4 SNP分型 |
| 1.5 数据分析 |
| 1.6 候选基因分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 产量相关性状的遗传变异分析 |
| 2.2 群体结构、亲缘关系及连锁不平衡 |
| 2.3 大豆R6期百荚鲜重的GWAS分析 |
| 2.4 大豆R6期百粒鲜重的GWAS分析 |
| 2.5 大豆R6期百粒干重的GWAS分析 |
| 2.6 大豆R6期出仁率的GWAS分析 |
| 2.7 大豆R6期每荚粒数的GWAS分析 |
| 2.8 大豆R6期鲜籽粒含水量的GWAS分析 |
| 2.9 稳定关联的显着SNP位点 |
| 2.10 候选基因分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 连锁不平衡 |
| 3.2 本研究检测到的位点与文献报道QTL比较 |
| 3.3 本研究中预测的候选基因 |
| 第三章 栽培大豆品种群体R6期产量相关性状的关联分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 试验设计 |
| 1.3 性状测定及统计分析 |
| 1.4 基因分型及遗传多样性分析 |
| 1.5 LD衰减 |
| 1.6 群体结构和亲缘关系分析 |
| 1.7 全基因组关联分析 |
| 1.8 候选基因预测及表达分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 产量相关性状的表型变异 |
| 2.2 标记遗传多样性,LD衰减及群体结构分析 |
| 2.3 不同模型的比较 |
| 2.4 大豆R6期百荚鲜重的GWAS分析 |
| 2.5 大豆R6期百粒鲜重GWAS分析 |
| 2.6 大豆R6期百粒干重GWAS分析 |
| 2.7 大豆R6期鲜籽粒含水量GWAS分析 |
| 2.8 大豆R6期出仁率GWAS分析 |
| 2.9 大豆R6期每荚粒数GWAS分析 |
| 2.10 稳定关联的显着SNP位点 |
| 2.11 候选基因预测 |
| 2.12 表达分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 本研究检测到的位点与文献报道QTL比较 |
| 3.2 本研究检测到的候选基因 |
| 第四章 大豆微核心种质R6期品质相关性状的关联分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 表型测定及数据分析 |
| 1.3 SNPLDB的构建 |
| 1.4 关联分析 |
| 1.5 QTL-allele矩阵 |
| 2. 结果与分析 |
| 2.1 描述性统计分析 |
| 2.2 SNPLDBs的分布 |
| 2.3 大豆R6期脂肪含量的RTM-GWAS分析 |
| 2.4 大豆R6期淀粉含量的RTM-GWAS分析 |
| 2.5 大豆R6期可溶性糖含量的RTM-GWAS分析 |
| 3 讨论 |
| 全文结论 |
| 本研究创新之处 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士期间发表或待发表的研究论文 |
| 致谢 |
（4）大豆微核心种质群体产量相关性状的全基因组关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 作物微核心种质的构建 |
| 1.1 核心种质的构建 |
| 1.2 微核心种质的构建 |
| 1.3 大豆微核心种质的构建 |
| 2 作物数量性状基因/QTL定位主要方法及应用 |
| 2.1 分子标记的分类及应用 |
| 2.1.1 分子标记的发展历程 |
| 2.1.2 分子标记的分类 |
| 2.1.3 SNP标记的特点及在作物中的应用 |
| 2.2 作物QTL定位的方法研究 |
| 2.2.1 QTL定位的原理 |
| 2.2.2 QTL定位的作图方法 |
| 2.3 关联分析 |
| 2.3.1 关联分析的概述 |
| 2.3.2 关联分析的基本分析方法 |
| 2.3.3 关联分析在作物中的应用 |
| 3 大豆产量相关性状的基因/QTL定位研究进展 |
| 3.1 大豆株高的基因/QTL定位研究 |
| 3.2 大豆主茎节数的基因/QTL定位研究 |
| 3.3 大豆分枝的基因/QTL定位研究 |
| 3.4 大豆茎粗与平均节间长的基因/QTL定位研究 |
| 3.5 大豆有效荚数的基因/QTL定位研究 |
| 4 目的与意义 |
| 第二章 大豆产量相关性状的表型鉴定 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 田间试验设计 |
| 1.3 产量相关性状测定 |
| 1.4 表型数据分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 大豆产量相关性状的描述性统计分析 |
| 2.2 大豆产量相关性状的方差分析及广义遗传率的计算 |
| 2.3 大豆产量相关性状的简单相关分析 |
| 3 讨论 |
| 第三章 大豆产量相关性状的全基因组关联分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 田间试验设计 |
| 1.3 产量相关性状测定 |
| 1.4 数据分析 |
| 1.4.1 SNP标记遗传多样性分析 |
| 1.4.2 连锁不平衡分析 |
| 1.4.3 群体结构和群体间亲缘关系分析 |
| 1.4.4 全基因组关联分析 |
| 1.4.5 大豆产量相关性状的优异等位变异筛选与种质鉴定 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 产量相关性状的全基因组关联分析 |
| 2.1.1 大豆株高的关联分析 |
| 2.1.3 大豆分枝的关联分析 |
| 2.1.4 大豆茎粗的关联分析 |
| 2.1.5 大豆平均节间长的关联分析 |
| 2.1.6 大豆有效荚数的关联分析 |
| 2.2 产量相关性状优异等位变异的筛选及优异种质的鉴定 |
| 2.2.1 株高 |
| 2.2.2 主茎节数 |
| 2.2.3 分枝 |
| 2.2.4 茎粗 |
| 2.2.5 平均节间长 |
| 2.2.6 有效荚数 |
| 3 讨论 |
| 3.1 两种模型进行全基因组关联分析的比较 |
| 3.2 大豆产量相关性状的全基因组关联分析 |
| 3.3 产量相关性状优异等位变异的筛选 |
| 全文结论与创新之处 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（5）世界大豆地域分化、遗传解析及演化关系的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号与缩略语 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 栽培大豆的起源、演化、育种进展及生产现状 |
| 1.1 栽培大豆的起源、演化与传播 |
| 1.2 世界大豆育种进展 |
| 1.2.1 我国大豆育种进展 |
| 1.2.2 朝鲜半岛和日本的大豆育种进展 |
| 1.2.3 俄罗斯大豆育种进展 |
| 1.2.4 印度大豆育种进展 |
| 1.2.5 北美大豆育种进展 |
| 1.2.6 南美大豆育种进展 |
| 1.2.7 非洲大豆育种进展 |
| 1.3 世界大豆生产现状 |
| 2 栽培大豆的遗传多样性 |
| 2.1 遗传多样性研究的内涵 |
| 2.2 遗传多样性研究的方法 |
| 2.2.1 形态标记 |
| 2.2.2 细胞学标记 |
| 2.2.3 蛋白质标记 |
| 2.2.4 DNA分子标记 |
| 2.3 遗传多样性研究的进展 |
| 2.3.1 以表型特征为基础的大豆遗传多样性研究 |
| 2.3.2 以分子标记为基础的大豆遗传多样性研究 |
| 3 大豆生育期性状的遗传变异 |
| 3.1 大豆生育期组的归组 |
| 3.1.1 国际通用标准的发展与应用 |
| 3.1.2 我国大豆生育期组的划分 |
| 3.2 大豆生育期的结构差异 |
| 4 大豆生育期性状的遗传研究 |
| 4.1 开花期和成熟期相关基因的发现 |
| 4.2 开花期和成熟期相关基因的克隆与功能验证 |
| 4.3 其他开花期和成熟期相关基因的定位 |
| 5 本研究的目的与意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 1 世界大豆品种生育期等农艺性状的地域变异 |
| 1.1 供试材料 |
| 1.1.1 世界大豆品种农艺性状地域变异研究的供试材料 |
| 1.1.2 世界大豆品种生育期组变异研究的供试材料 |
| 1.2 田间试验 |
| 1.3 籽粒性状的测定 |
| 1.4 表型数据分析 |
| 1.5 大豆生育期组归属标准 |
| 2 世界大豆品种生育期等农艺性状的全基因组遗传解析 |
| 2.1 供试材料与田间试验 |
| 2.2 全基因组分子标记 |
| 2.3 全基因组关联分析 |
| 2.4 候选基因的注释 |
| 2.5 QTL-allele矩阵的建立 |
| 3 世界大豆品种的遗传多样性和地理群体间演化关系的分析 |
| 3.1 供试材料 |
| 3.2 全基因组分子标记 |
| 3.3 遗传多样性分析 |
| 3.4 聚类分析和遗传相似系数 |
| 3.5 群体分化系数 |
| 3.6 连锁不平衡分析 |
| 第三章 世界大豆品种生育期等农艺性状的地域变异 |
| 1 世界大豆品种农艺性状在不同环境下的变异特点 |
| 1.1 生育期相关性状的表型变异 |
| 1.2 株高和主茎节数的表型变异 |
| 1.3 籽粒性状的表型变异 |
| 2 世界大豆品种农艺性状的方差分析 |
| 3 不同地理群体大豆品种农艺性状的比较 |
| 3.1 不同地理群体生育期相关性状的表型变异 |
| 3.2 不同地理群体株高和主茎节数的表型变异 |
| 3.3 不同地理群体籽粒性状的表型变异 |
| 4 不同地理群体大豆品种农艺性状的方差分析 |
| 5 光温敏感性状在不同地理群体间的分化 |
| 6 世界大豆品种生育期组变异的研究 |
| 6.1 生育期组标准品种的生育日数表现 |
| 6.2 标准品种生育期组在不同环境下的表现 |
| 6.2.1 与标准品种生育期组类型相对应的世界大豆品种生育期组的划分标准 |
| 6.2.2 生育期组亚组的划分 |
| 6.3 世界大豆品种13个地理群体生育期组的分布 |
| 7 讨论 |
| 7.1 13个世界大豆品种地理群体在农艺性状上的分化 |
| 7.2 大豆生育期组的考察标准 |
| 7.3 大豆的生育期组亚组的划分 |
| 7.4 超早熟材料的发现 |
| 第四章 世界大豆品种生育期等农艺性状的全基因组遗传解析 |
| 1 世界大豆品种生育期相关性状的GWAS分析 |
| 1.1 大豆开花期的关联分析结果 |
| 1.2 大豆结荚期的关联分析结果 |
| 1.3 大豆成熟期的关联分析结果 |
| 2 世界大豆品种生育期相关性状关联位点的基因功能分析 |
| 3 世界大豆品种生育期组分化的遗传机制 |
| 3.1 大豆生育期相关性状QTL的等位变异效应 |
| 3.2 大豆生育期相关性状QTL在生育期组的分化 |
| 3.3 大豆生育期相关性状QTL-allele矩阵的建立 |
| 4 世界大豆品种株高和百粒重的GWAS分析 |
| 4.1 大豆株高的关联分析结果 |
| 4.2 大豆百粒重的关联分析结果 |
| 5 世界大豆品种株高和百粒重关联位点的基因功能分析 |
| 6 世界大豆品种株高QTL-allele的建立 |
| 7 世界大豆品种百粒重QTL-allele的建立 |
| 8 讨论 |
| 8.1 不同群体生育期相关QTL定位结果的比较 |
| 8.2 晚熟生育期组的生育期遗传机制 |
| 8.3 生育期性状—因多效QTL位点的分析 |
| 第五章 世界大豆品种的遗传多样性和地理群体间演化关系的分析 |
| 1 基于SNPLDB标记分析世界大豆品种的遗传多样性 |
| 2 13个世界大豆品种地理群体的遗传多样性 |
| 3 基于F_(st)和s_(ij)的13个世界大豆品种地理群体间的遗传分化 |
| 4 基于遗传特异性的13个世界大豆品种地理群体间的遗传分化 |
| 5 基于连锁不平衡的13个世界大豆品种地理群体间的遗传分化 |
| 6 13个世界大豆品种地理群体间的聚类关系 |
| 7 世界大豆品种之间的聚类关系 |
| 8 讨论 |
| 8.1 不同的传播途径导致不同地理环境的适应性和不同地理群体的形成 |
| 8.2 一套有效评价地理群体分化的指标和方法 |
| 第六章 全文讨论、结论和创新点 |
| 1 全文讨论 |
| 1.1 世界大豆品种生育期相关性状的生态变异以及生育期组鉴定地点的选择 |
| 1.2 育种对大豆生育期的影响 |
| 1.3 世界大豆品种地理群体间的遗传多样性、演化关系及传播路径 |
| 2 全文主要结论 |
| 3 主要创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
（6）中国栽培大豆SKTI类型多态性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 栽培大豆起源研究概述 |
| 1.1.1 栽培大豆的分类学地位 |
| 1.1.2 栽培大豆的起源 |
| 1.2 SKTI 多态性研究进展 |
| 1.2.1 SKTI 概述 |
| 1.2.2 SKTI 的多态性 |
| 1.2.3 SKTI 多态性的应用 |
| 1.3 SSR 标记及其应用 |
| 1.3.1 SSR 概述 |
| 1.3.2 SSR 标记在大豆中的应用 |
| 1.4 论文的研究目的及意义 |
| 第二章 我国栽培大豆 SKTI 多态性 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 SKTI 的提取 |
| 2.2.2 SKTI 电泳 |
| 2.2.3 SKTI 类型统计 |
| 2.2.4 SKTI 基因序列测定 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 我国栽培大豆 SKTI 的多态性 |
| 2.3.2 不同生态类型大豆的 SKTI 类型分布 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 不同 SKTI 类型的地理分布 |
| 2.4.2 从 SKTI 类型的分布探讨其起源与传播问题 |
| 第三章 我国不同 SKTI 类型大豆的遗传多样性 |
| 3.1 材料 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 DNA 提取 |
| 3.2.2 SSR 引物的选择 |
| 3.2.3 SSR 扩增程序 |
| 3.2.4 PCR 产物的聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 |
| 3.2.5 统计分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 187 份材料的遗传多样性 |
| 3.3.2 187 份材料的遗传结构 |
| 3.3.3 不同 SKTI 类型群组之间的遗传多样性 |
| 3.3.4 不同 SKTI 类型大豆的聚类分析 |
| 3.3.5 叶绿体 SSR 单倍型分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 群体的遗传多样性 |
| 3.4.2 不同 SKTI 类型大豆地方品种间的遗传关系 |
| 第四章 不同地区、生态类型大豆的遗传多样性 |
| 4.1 材料 |
| 4.2 方法 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 各省大豆群体的遗传多样性 |
| 4.3.2 各省大豆群体的聚类分析 |
| 4.3.3 不同生态类型群体的遗传多样性 |
| 4.3.4 不同生态类型群体的聚类分析 |
| 4.3.5 不同地理-生态类型群体的遗传多样性 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 我国不同地理和生态类型大豆的遗传多样性 |
| 4.4.2 我国不同地理和生态类型大豆的遗传关系 |
| 第五章 全文结论 |
| 5.1 我国 SKTI 类型频率及分布 |
| 5.2 不同 SKTI 类型大豆的遗传多样性 |
| 5.3 不同地理和生态类型大豆的遗传多样性 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（7）大豆胞囊线虫抗病候选基因rhg1多样性及分子标记开发与利用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 研究意义 |
| 1.1.1 培育和种植抗病品种是防治SCN的有效途径 |
| 1.1.2 分子标记辅助选择在SCN抗病育种中有重要作用 |
| 1.1.3 本研究的重要意义 |
| 1.2 国内外研究现状 |
| 1.2.1 SCN生理小种的划分及分布 |
| 1.2.2 SCN抗源的筛选与抗病品种选育 |
| 1.2.3 SCN分子标记辅助选择 |
| 1.2.4 SCN抗病候选基因rhg1克隆及功能验证 |
| 1.3 本研究的目的 |
| 第二章 rhg1基因多样性分析 |
| 2.0 前言 |
| 2.0.1 大豆SNP研究进展 |
| 2.0.2 抗病候选基因rhg1 |
| 2.1 材料及方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 大豆基因组DNA提取 |
| 2.1.3 引物设计及PCR克隆 |
| 2.1.4 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 rhg1的同源基因多样性分析 |
| 2.2.2 rhg1基因多样性分析 |
| 2.2.3 rhg1单倍型多样性 |
| 2.2.4 rhg1中性检测 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 rhg1同源基因间分子进化 |
| 2.3.2 rhg1同源基因结构及多态性 |
| 2.3.3 rhg1的序列多态性 |
| 2.3.4 rhg1及同源基因与抗性的关系 |
| 2.3.5 rhg1中性理论检测 |
| 第三章 rhg1多样性与SCN抗性的相关性分析 |
| 3.0 前言 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 基于rhg1序列多态性的关联分析 |
| 3.2.2 基于InDel标记的相关性分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 基于抗病候选基因rhg1的InDel标记开发与利用 |
| 4.0 前言 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 InDel标记的多样性 |
| 4.2.2 等位变异数目及频率 |
| 4.2.3 不同生态型大豆种质等位变异分布 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 全文结论 |
| 5.1 明确了rhg1在大豆基因组上的同源基因 |
| 5.2 阐明了rhg1序列多样性 |
| 5.3 找到了与SCN抗性相关的SNP和等位变异 |
| 5.4 开发了基于rhg1基因的InDels标记 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（8）大豆核心种质和微核心种质的构建、验证与研究进展（论文提纲范文）
| 1 大豆核心种质及微核心种质的构建及其补充完善 |
| 1.1 大豆核心种质及微核心种质的构建 |
| 1.2 大豆核心种质及微核心种质的补充完善 |
| 2 大豆核心种质和微核心种质的验证 |
| 2.1 构建方法的检测 |
| 2.1.1 SSR位点的代表性检测 |
| 2.1.2 样本组成的代表性检测 |
| 2.1.3 取样比例的代表性检测 |
| 2.1.4 低频率等位变异的代表性检测 |
| 2.2 利用随机抽样检测核心种质的代表性 |
| 3 大豆核心种质和微核心种质的利用研究 |
| 3.1 优异性状鉴定及新基因发掘 |
| 3.2 种质创新及新品种培育 |
| 4 讨论与展望 |
| 4.1 大豆遗传多样性分布特点 |
| 4.2 大豆核心种质利用方式 |
| 4.3 大豆基因多样性鉴定与新基因发掘 |
（9）我国大豆育成品种的遗传多样性，农艺性状QTL关联定位及优异变异在育种系谱内的追踪（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一部分 文献综述 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 大豆育种的进展和生产上对大豆品种遗传多样性的要求 |
| 1.1 大豆育种的进展 |
| 1.1.1 国内大豆育种的进展 |
| 1.1.2 国外大豆育种的进展 |
| 1.2 生产上要求大豆品种遗传多样性的紧迫性 |
| 2 大豆遗传多样性研究的进展 |
| 2.1 遗传多样性研究的方法 |
| 2.2 大豆遗传多样性研究的进展 |
| 2.2.1 表型推测的遗传多样性 |
| 2.2.2 分子标记推测的遗传多样性 |
| 3 基因定位与遗传多样性研究 |
| 3.1 基因(位点)多样性和等位基因(等位变异)多样性 |
| 3.2 基因(QTL)定位(家系连锁定位和关联定位) |
| 3.3 育种资源基因(位点)多样性和等位基因(等位变异)多样性 |
| 4 关联定位方法 |
| 5 育成品种系谱内基因的追踪 |
| 5.1 系谱分析法研究育成品种系谱内基因的追踪 |
| 5.2 分子标记法研究育成品种系谱内基因的追踪 |
| 6 本研究的目的和技术路线 |
| 第二部分 研究报告 |
| 第二章 材料与方法 |
| 1 试验材料 |
| 1.1 我国大豆育成品种遗传多样性研究的材料 |
| 1.2 亚洲引入大豆育成品种对我国大豆的特异性和互补性研究的材料 |
| 1.3 大豆育成品种群体关联分析的材料 |
| 1.4 我国黄淮和南方主要大豆育成品种的家族优异等位变异在系谱内追踪研究的材料 |
| 2 田间试验设计与农艺性状调查和测量方法 |
| 3 基因组DNA提取、SSR扩增以及各研究中的SSR标记表现情况 |
| 3.1 我国大豆育成品种遗传多样性研究中的SSR标记所在连锁群及其多样性 |
| 3.2 亚洲引入大豆育成品种对我国大豆的特异性和互补性研究中的SSR标记所在连锁群及其多样性 |
| 3.3 大豆育成品种群体的关联分析中的实验检测SSR位点 |
| 4 数据分析方法 |
| 4.1 遗传丰富度 |
| 4.2 多态性信息量 |
| 4.3 特有、特缺、互补等位变异 |
| 4.4 D_A遗传距离 |
| 4.5 群体分化系数 |
| 4.6 群体遗传结构 |
| 4.7 大豆育成品群体LD的衡量 |
| 4.8 大豆育成品种群体关联分析 |
| 4.9 大豆育成品种群体优异位点及优异等位变异的确认 |
| 第三章 我国大豆育成品种遗传多样性研究 |
| 1 我国大豆育成品种群体和亚群的遗传多样性 |
| 1.1 我国大豆育成品种群体及3个生态区亚群的遗传多样性 |
| 1.2 我国大豆育成品种主要分省亚群的遗传多样性与互补性 |
| 1.3 我国大豆育成品种分时期亚群的遗传多样性与互补性 |
| 2 我国大豆育成品种各亚群特异性及遗传关系 |
| 2.1 我国大豆育成品种各亚群的特异性 |
| 2.2 我国大豆育成品种SSR聚类及其与分省亚群、分时期亚群间的关系 |
| 3 讨论 |
| 3.1 我国大豆育成品种群体代表性和遗传多样性 |
| 3.2 我国大豆育成品种与种质资源地理群体遗传多样性的比较 |
| 3.3 我国大豆育成品种的群体特异性和群体遗传关系 |
| 第四章 亚洲引入大豆育成品种对我国大豆的特异性和互补性研究 |
| 1 亚洲大豆育成品种地理群体的遗传多样性与特异性 |
| 2 亚洲大豆育成品种地理群体分化 |
| 2.1 亚洲大豆育成品种地理分群与SSR标记聚类的关系 |
| 2.2 亚洲大豆育成品种群体的遗传结构 |
| 2.3 亚洲大豆育成品种地理群体分化 |
| 3 讨论 |
| 3.1 大豆育成品种地理群体与种质资源地理群体遗传多样性及特异性的比较 |
| 3.2 亚洲大豆育成品种的群体结构和群体分化 |
| 第五章 大豆育成品种农艺性状QTL与SSR标记的关联分析 |
| 1 大豆品种群体SSR位点间的连锁不平衡及群体结构分析 |
| 2 与大豆育成品种农艺性状相关联的SSR标记 |
| 2.1 与大豆农艺性状相关联的SSR标记总体情况 |
| 2.2 与产量性状关联的SSR位点 |
| 2.3 与生育期性状关联的SSR位点 |
| 2.4 与形态性状关联的SSR位点 |
| 2.5 与品质性状关联的SSR位点 |
| 2.6 与多个性状关联的SSR位点 |
| 3 大豆育成品种农艺性状的优异等位变异 |
| 3.1 大豆育成品种产量性状的优异等位变异 |
| 3.2 大豆育成品种生育期性状的优异等位变异 |
| 3.3 大豆育成品种形态性状的优异等位变异 |
| 3.4 大豆育成品种品质性状的优异等位变异 |
| 4 讨论 |
| 4.1 大豆育成品种群体与大豆资源群体的关联分析结果比较 |
| 4.2 大豆育成品种群体关联分析结果用于设计育种 |
| 第六章 我国黄淮和南方主要大豆育成品种家族产量和品质优异等位变异在系谱内追踪 |
| 1 大豆育成品种家族中优异等位变异的累积 |
| 1.1 产量优异等位变异 |
| 1.2 百粒重优异等位变异 |
| 1.3 蛋白质含量优异等位变异 |
| 1.4 脂肪含量优异等位变异 |
| 2 各家族产量优异等位变异追踪 |
| 2.1 58-161家族产量优异等位变异追踪 |
| 2.2 徐豆1号家族产量优异等位变异追踪 |
| 2.3 齐黄1号家族产量优异等位变异追踪 |
| 2.4 南农493-1家族产量优异等位变异追踪 |
| 2.5 南农1138-2家族产量优异等位变异追踪 |
| 3 各家族大豆高产优异等位变异结构分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 大豆育成品种优异位点和优异等位变异与环境的相对性 |
| 4.2 大豆育成品种优异位点和优异等位变异与表型的相对一致性 |
| 4.3 大豆育成品种家族中优异位点和优异等位变异的传承 |
| 第七章 讨论、全文结论与创新之处 |
| 1 讨论 |
| 1.1 我国大豆育成品种群体的遗传多样性及亚洲引入大豆品种对我国大豆的特异性和互补性 |
| 1.2 大豆育成品种群体与资源群体之间遗传多样性和关联位点的异同 |
| 1.3 大豆育成品种群体关联分析结果应用探讨 |
| 2 全文结论 |
| 3 主要创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 撰写论文情况 |
（10）国外引进种质在我国大豆育种中的利用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1 大豆生产概况 |
| 2 引进大豆种质的利用与研究进展 |
| 3 大豆遗传多样性研究概述 |
| 第二章 材料与方法 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 第三章 结果与分析 |
| 1 引进种质与中国大豆种质基于SSR 的遗传关系分析 |
| 2 引进大豆种质对中国大豆育成品种的贡献分析 |
| 第四章 讨论 |
| 1 引进种质与中国大豆遗传多样性比较分析 |
| 2 SSR 引物的遗传多样性分析 |
| 3 日本十胜长叶在我国大豆育种中成功利用的原因分析 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
四、黄淮夏大豆遗传多样性分析（论文参考文献）
- [1]中国南方大豆种质资源的地理-季节分化与耐荫相关性状的遗传解析[D]. 张志鹏. 南京农业大学, 2019(08)
- [2]大豆成熟籽粒硬度的全基因组关联分析[D]. 张星. 南京农业大学, 2018(02)
- [3]大豆R6期产量及品质相关性状的关联分析[D]. 李向楠. 南京农业大学, 2018(07)
- [4]大豆微核心种质群体产量相关性状的全基因组关联分析[D]. 张友谊. 南京农业大学, 2017(07)
- [5]世界大豆地域分化、遗传解析及演化关系的研究[D]. 刘学勤. 南京农业大学, 2015(05)
- [6]中国栽培大豆SKTI类型多态性研究[D]. 张志华. 中国农业科学院, 2013(02)
- [7]大豆胞囊线虫抗病候选基因rhg1多样性及分子标记开发与利用[D]. 南海洋. 中国农业科学院, 2010(02)
- [8]大豆核心种质和微核心种质的构建、验证与研究进展[J]. 邱丽娟,李英慧,关荣霞,刘章雄,王丽侠,常汝镇. 作物学报, 2009(04)
- [9]我国大豆育成品种的遗传多样性，农艺性状QTL关联定位及优异变异在育种系谱内的追踪[D]. 张军. 南京农业大学, 2008(06)
- [10]国外引进种质在我国大豆育种中的利用研究[D]. 郭娟娟. 新疆农业大学, 2007(02)